Tutoriales

Uso y funcionamiento de  la base de datos y Algoritmo de fotoidentificación.

ACCESO

Véase la pestaña de REGISTRO Y USO DE LA INFORMACIÓN. Una vez leído el texto y seguidos los pasos indicados en el proceso de registro introduzca los datos de usuario y contraseña en la página de acceso.
mail de contacto general: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

COMO REALIZAR UNA CONSULTA EN LA BASE DE DATOS

Si ya ha accedido con su nombre de usuario y contraseña, observará en la parte superior de la página de Inicio una pestaña denominada Ejemplares.
Sitúe el cursor sobre ella y se desplegará un menú con tres opciones (seleccione una de ellas haciendo clic encima):
  • Buscar ejemplar por identificador
  • Buscar ejemplar por imagen
  • Añadir ejemplar manualmente
Buscar ejemplar por identificador
Si quiere buscar un ejemplar concreto y conoce el código de identificación del PITMAR puede introducir los datos. El código del PITMAR está compuesto por tres grupos de datos. El primero corresponde al año en el que se creó la ficha del ejemplar (no la fecha en la que se produjo el avistamiento), el segundo corresponde a las siglas asignadas para la especie (tres primeras letras del género y tres primeras letras de la especie), finalmente un número asignado automáticamente por el programa (Identificador PITMAR) reseña un ejemplar en concreto.
Las siglas de las especies son las siguientes:
Carcar: Caretta caretta (Linnaeus, 1758)
Chemyd: Chelonina mydas (Linnaeus, 1758)
Dercor: Dermochelys coriacea (Vandelli, 1761)
Ereimb: Eretmochelys imbricata (Linnaeus, 1766)
Lepkem: Lepidochelys kempii (Garman, 1880)
Lepoli: Lepidochelys olivacea (Eschscholtz, 1829)
Natdep: Natator depressa (Garman, 1880)
Ejemplo: 2014-Carcar-1 correspondería a una ficha creada en el año 2014 de un ejemplar de Caretta caretta designado con el número 1.
Si queremos un listado de todos los ejemplares de una determinada especie registrados en un año determinado podemos dejar en blanco la casilla del identificador del PITMAR y se mostrarán todos los individuos que coincidan con el criterio de año y especie seleccionados.
Si disponemos de un número de microchip, anilla, código propio o cualquier otro tipo de marca podemos usar la casilla: Buscar por otros identificadores.
Si utilizamos en blanco la casilla: Buscar por otros identificadores el programa localizará todos los ejemplares que, además del código del PITMAR, cuentan con datos almacenados de algún otro tipo de marca o código. No se mostrarán los ejemplares que sólo disponen de Código de Identificación PITMAR.

CÓMO HACER EL TRATAMIENTO FOTOGRÁFICO PREVIO

Para el correcto reconocimiento de los ejemplares mediante el algoritmo de fotoidentificación, las imágenes deben tener unas características de calidad mínimas relativas a las dimensiones, orientación, iluminación y nivel de definición que permitan claramente la delimitación de las escamas.
Se recomienda el uso de algún software de tratamiento de imagen para mejorar el resultado de la fotografía inicial.
Es importante que la fotografía sea lo más nítida posible (enfoque), bien iluminada y que el ángulo de inclinación de la cara de la tortuga respecto al fotógrafo y al suelo donde se encuentra sea lo más próximo posible a 90º. Véase imagen de cómo hacer las fotografías.
Resulta útil girar la imagen hasta que la cabeza de la tortuga aparezca  totalmente paralela al suelo y recortar la imagen para que ocupe totalmente la fotografía. Una vez recortada la fotografía, se recomienda redimensionar la imagen para que el ancho sea de 800 píxeles; el archivo resultante no debe ser mayor de 1 Megabytes.
Usar herramientas de modificación de brillo, contraste y enfoque hasta que los nodos entre las escamas sean claramente visibles.
Takingpictures
Orientación y ángulo correctos de la cámara en el momento de hacer la fotografía
Tut2
Foto correcta. Buena orientación, encuadre, iluminacion, enfoque y definición.
Tut4
Foto incorrecta. Buena orientación, buena iluminación pero enfoque incorrecto. No es posible distinguir claramente los límites delas escamas.
Tut3
Foto utilizable. Lejana pero con buena orientación, iluminación y enfoque. Si la definición es buena (suficientes pixel x pixel), se puede ampliar y recortar. Serviría para la fotoidentificación.
Tutretoque
Ampliación, iluminación y enfoque de la foto anterior.
Sirve para la fotoidentificación.
tut5
Foto incorrecta. Buena definición, enfoque e iluminación pero mala orientación.

CÓMO CREAR UNA BÚSQUEDA POR PATRÓN DE ESCAMAS

Si ya ha accedido con su nombre de usuario y contraseña, observará en la parte superior de la página de Inicio una pestaña denominada Ejemplares.
Sitúe el cursor sobre ella y se desplegará un menú con tres opciones (seleccione una de ellas haciendo clic encima):
  • Buscar ejemplar por identificador
  • Buscar ejemplar por imagen
  • Añadir ejemplar manualmente
Seleccione Buscar ejemplar por imagen
Accederá a una página denominada Búsqueda por imágenes faciales donde se desglosan tres secciones:
  • Búsquedas en espera: Procesos en los que se ha subido fotografía para la búsqueda pero todavía no se ha punteado el patrón de nodos o no se ha presionado el botón de iniciar la búsqueda.
  • Búsquedas en curso: Aquellas en las que el algoritmo está trabajando y analizando todos los patrones de nodos de la base de datos. El proceso suele tardar entre 5 y 10 minutos. Transcurrido ese tiempo es necesario actualizar la página presionando CONTROL F5 simultaneamente o recargando la página en el navegador. Recibirá un mensaje de correo electrónico cuando se complete la búsqueda.
  • Búsquedas completadas: Historial de las búsquedas realizadas y completadas. Podemos borrar periódicamente las búsquedas propias para no acumular procesos.
En la parte superior izquierda verá una casilla llamada Nueva búsqueda. Haga click encima y accederá a una nueva página donde introducir los datos del avistamiento (fecha, lugar, especie), datos físicos básicos y las imágenes faciales tanto del lado derecho como del lado izquierdo de la cara de la tortuga. Si sólo se dispone de imagen de uno de los lados de la cara de todas formas se puede realizar la búsqueda del ejemplar.
En la parte inferior de la página en la sección Imágenes faciales verá dos casillas marcadas como Seleccionar archivo. Haga click en ellos para seleccionar la ubicación de los archivos de las imágenes de cada lado de la cara. Una vez hecho esto, haga click en enviar.
Una vez transcurrido el tiempo necesario para enviar los archivos (dependerá de la velocidad de su conexión a internet) accederá a una página donde se indica que la búsqueda ha sido creada correctamente. Todavía no ha comenzado la búsqueda, ha llegado el momento de marcar el patrón formado por los nodos entre cada escama.  En la reseña de nuestra nueva búsqueda aparecerá el identificador de búsqueda, la especie, la fecha y hora de creación de la búsqueda, una casilla de editar y otra de borrar para eliminar la búsqueda. Haga click en la casilla editar para ingresar a la página de búsqueda. En la parte inferior aparecerán las dos imágenes de búsqueda subidas por el usuario marcadas en rojo como: imagen no procesada.
Haga click en una de ellas para empezar a marcar los nodos.
Aparecerá la imagen aumentada y en la parte inferior tres pestañas:
editar nodos           ver / ocultar nodos            volver
Haga click en editar nodos. Accederá a la página de punteo de los nodos. Bajo la imagen verá las siguientes casillas:
añadir marcas        añadir nodos        eliminar nodos       ayuda         guardar información imagen       volver
Si pulsa el botón ayuda verá el siguiente texto.
Pulse el botón añadir marcas para posicionar los dos puntos de marcado. El primero hay que colocarlo en la intersección entre las escamas supraoculares centrales (ver imagen más abajo) y el segundo en el arco superior de la narina (parte superior del orificio nasal de ese lado). Las marcas aparecerán como puntos grises de borde verde. Podemos corregir su posición haciendo click, arrastrando y soltando en el lugar deseado. Estas marcas son importantes para compensar posibles inclinaciones en el momento de tomar la imagen y el desplazamiento de los nodos ocasionado por el crecimiento del ejemplar.
Pulse el botón añadir nodos para marcar las intersecciones en las escamas de la cara del ejemplar. Los nodos aparecerán como puntos grises de borde azul.
Puede mover los puntos de marcado o nodos haciendo click sobre ellos con el ratón, arrastrando y soltando en el lugar deseado. Esta nube de puntos es lo que utiliza el programa para identificar al individuo. Si le cuesta ver los límites de algunas escamas puede ampliar la imagen presionando Ctrl y el símbolo + para acercar o – para alejar la imagen. Para restablecer el tamaño original de la imagen pulso Ctrl 0 intro.
Pulse el botón eliminar nodo para borrar puntos de marcado haciendo click sobre ellos.
Pantallabusqueda 
Cuando considere que ha terminado de marcar todos los nodos posibles presione guardar información imagen
Regresará a la página anterior, verá que la imagen que acaba de puntear tiene ahora una etiqueta que reseña imagen procesada. Haga lo mismo con la imagen del lado contario.
Cuando ambas imágenes estén procesadas (o una si sólo dispone de una de ellas) presione la casilla Realizar búsqueda , será devuelto a la página de búsquedas por imagen y su proceso aparecerá reseñado en el apartado búsquedas en curso. Transcurridos ente 5 y 10 minutos refresque la página recargándola o haciendo click en Ctrl F5.
Cuando su búsqueda aparezca en el apartado búsquedas completadas haga click en la casilla ver resultados
Accederá a una página denominada Resultados de la búsqueda. Ejemplares encontrados para la búsqueda (identificador de su búsqueda).
Se mostrarán en orden descendente los 15 ejemplares con mayor número de coincidencias de nodos. Entre en cada uno de los resultados hasta localizar visualmente el ejemplar coincidente. Si la imagen de origen es de buena calidad, ha marcado correctamente los nodos y no encuentra ningún individuo coincidente se trataría de un nuevo ejemplar sin censar.
Cuando entra en uno de los resultados llegará a una página con información del ejemplar de búsqueda y de la posible identificación positiva.
Verá su imagen de búsqueda de cada lado de la cabeza enfrentado a la correspondiente del posible ejemplar positivo.
Haciendo click en cada imagen verá ampliado el patrón de nodos y la imagen con varias casillas de comparación / ocultación de imagen o  nodos. Puede reiniciar la búsqueda del mismo ejemplar modificando o corrigiendo la posición de los nodos.

CÓMO CREAR UNA FICHA PARA UN EJEMPLAR NO CENSADO

Bajo la casilla de Ejemplares, al desplegarse el submenú aparece la opción Añadir ejemplar manualmente. Haga click sobre esta opción. Rellene la información de cada apartado y pulse el botón enviar.
Una vez creada la ficha del ejemplar haga click en el Añadir un nuevo avistamiento. Localice en el mapa el lugar del avistamiento, haga click encima para que se añadan automáticamente los datos de coordenadas y cumplimente el resto de los datos solicitados. Puede añadir una foto general de la tortuga e incluir peculiaridades en la sección Observaciones.
NOTA: Opción no disponible para usuarios visitantes.

CÓMO CREAR UN NUEVO AVISTAMIENTO PARA UN EJEMPLAR CENSADO

Una vez creada la ficha del ejemplar haga click en el Añadir un nuevo avistamiento. Localice en el mapa el lugar del avistamiento, haga click encima para que se añadan automáticamente los datos de coordenadas y cumplimente el resto de los datos solicitados. Puede añadir una foto general de la tortuga e incluir peculiaridades en la sección Observaciones.

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